Tras la coronación de Carlos VII en Reims, comenzaron las negociaciones entre el rey y los borgoñones. Como escuchamos en la meditación de ayer, Juana había escrito el mismo día de la coronación una carta al duque de Borgoña, Felipe el Bueno, suplicándole en nombre de Dios: «Que el rey de Francia y vos selléis una paz buena y estable que perdure por mucho tiempo. Perdonaos mutuamente de todo corazón, como cristianos».
En realidad, Juana anhelaba la paz, aunque al mismo tiempo advirtiera al duque de que no pretendiera luchar contra el rey. Su deseo era lograr una reconciliación cristiana entre los gobernantes y, con ello, la unión entre los franceses, después de que los borgoñones se habían aliado con los ingleses tras la devastadora derrota en la batalla de Azincourt (1415). Fue así como surgió la alianza anglo-borgoñona.
En la carta dirigida al duque de Borgoña, se puso de manifiesto una vez más la autoridad que Dios había otorgado a Juana. Ella quería sellar una paz buena y sólida, cimentada en la fe común. Al mismo tiempo, era consciente de la potencia del ejército francés, que, gracias a su intervención, había alcanzado la superioridad en la guerra. Esa habría sido la postura necesaria en las negociaciones para que estas no frenaran la obra que Dios había iniciado a través de la Doncella de Orléans. La victoria contra los ingleses y la posterior coronación de Carlos VII eran señales que todos podrían haber leído para sacar las conclusiones correctas.
Pero, por desgracia, las cosas tomaron otro rumbo. En las negociaciones con los enviados de Borgoña, deliberadamente se excluyó a Juana. En ese momento se produjo la ruptura decisiva. La guía divina a través de Juana de Arco, en consonancia con la corona y la Iglesia, ya no pudo continuar de la misma manera. Si se quiere hablar de traición, habría que señalar que esta tuvo lugar aquí y se consolidó en las decisiones posteriores. En primera instancia, se trata de una traición a la intervención de Dios, que se había apiadado del destino de Francia enviando a Juana de Arco. Tras la coronación del rey, ya no se respetó el orden de la intervención divina, ya que se excluyó a la mensajera de Dios, que transmitía las instrucciones que había recibido de los ángeles y santos, y que habían producido el gran giro en la guerra a favor de Francia siempre que se acataban. Quizás se creía que, a partir de ese momento, sería más conveniente recurrir a la diplomacia habitual y se subestimó la autoridad y el poder con los que Dios había dotado a la Doncella de Orléans para la suerte de Francia.
En realidad, su misión no había concluido con la coronación del rey. Muchas ciudades seguían bajo dominio anglo-borgoñón, entre ellas París. ¡Había que seguir aprovechando el momento oportuno que Dios había concedido! Y eso no sería posible sin la activa participación de Juana de Arco en todos los pasos posteriores.
El rey y sus consejeros empezaron a presionar para alcanzar un acuerdo pacífico con el duque de Borgoña. Sin embargo, no supieron medirlo correctamente, error del que se darían cuenta mucho más tarde. Felipe el Bueno no estaba realmente interesado en una solución pacífica y beneficiosa para todos, sino en mantener y ampliar su propio poder. Además, no renunció a su alianza con los ingleses, que servía a sus propios intereses. Más tarde, el rey inglés lo ascendió a un alto cargo, incluso como segundo al mando de Francia.
Sin tener en cuenta el consejo de Juana y, por lo tanto, la ayuda sobrenatural, Carlos VII aceptó las promesas de los borgoñones, que no eran sinceras y que dieron lugar a largas negociaciones que se prolongaron durante meses.
Se dejó pasar el momento oportuno y el ejército real quedó paralizado. A raíz de las victorias anteriores y, seguramente, también por la coronación del rey, muchas ciudades estaban dispuestas a someterse voluntariamente a su cetro. Sin embargo, la política contradictoria e indecisa del rey no supo aprovechar esta situación.
Aunque algunas ciudades se sometieron a la corona —para lo cual también resultó decisiva la presencia de Juana entre las tropas—, no se logró el gran objetivo de reconquistar la capital, París. Atacar París era lo lógico y lo que deseaba el ejército real. En ese momento, la ciudad se encontraba bajo dominio anglo-borgoñón y su reconquista habría consolidado aún más el derecho del rey sobre toda la nación. La capital incluso contaba con un ataque de las tropas reales. Sin embargo, la vacilación del rey dio tiempo para que se fortificara aún más.
Finalmente, el 8 de septiembre de 1429, las tropas reales lanzaron un ataque contra París. Como siempre, Juana estaba en primera línea animando a los soldados. Pero la defensa era férrea y la batalla se prolongó hasta el atardecer. Juana resultó herida. Aun así, quería seguir luchando y afirmó que aún podrían tomar París. Contra su voluntad, sir Gaucourt y otros la llevaron al campamento del ejército, lo que la consternó profundamente. Esperaba poder continuar con el ataque al día siguiente, pero el rey no se lo permitió. A raíz de ello, se atribuyó la derrota de París a Juana y sus enemigos creyeron que finalmente se había roto el «hechizo» de la doncella.
Poco después de este suceso, el rey decidió disolver el ejército que tantas victorias había obtenido. Cagny escribe que «con ello quebrantó su voluntad y la del ejército real».
No hace falta mencionar las pequeñas batallas que se le encomendaron a partir de entonces a Juana, ya fueran victoriosas o fracasadas. Gracias a sus voces, sabía que sería capturada. El tiempo de sus grandes victorias militares, con las que había servido a su patria, había llegado a su fin. Ahora se le pedía que completara su misión de otra manera.
El 23 de mayo de 1430, Juana de Arco fue capturada cerca de Compiègne por Juan de Luxemburgo y cayó así en manos de sus enemigos.